正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
序一序二自序跋凡例太极图（图缺）命门水火图（图缺）五气图（图缺）卷之一医论命门水火图说五气图说论膀胱者州都之官津液藏焉气化则能出矣论补脾补肾治血贵静广嗣方论论诸痿胃气当察辨利痢脉病之殊治病求本驳诸家痨
巢氏诸病源候总论
医方歌括
幼科发微赋卷之一十三科预养以培其元一胎养以保其真二蓐养以防其变三回气捷法拭口时法浴儿法断脐法嗜儿法刮泡法通便法贴囟法牛黄法鞠养以防其疾四辨小儿寿夭辨小儿形色辨小儿脉息辨小儿脉证治五脏证治总论肝脏证治心
序一序二集解序卷上诊候入式歌五脏歌心脏歌一心脏歌二心脏歌三肝脏歌一肝脏歌二肝脏歌三脾脏歌一脾脏歌二脾脏歌三肺脏歌一肺脏歌二肺脏歌三肾脏歌一肾脏歌二肾脏歌三左右手分诊五脏四时脉歌左手寸口心脉歌左手关部肝
重刊宋本洪氏集验方序重刊宋本洪氏集验方后叙卷第一治痢肉豆蔻散祛疟散大交泰丹混元胎丹还少丹琼玉膏一粒金丹神妙六逸丸铁瓮申先生交感丹降气汤牙药卷第二（痈疽）化毒排脓内补散神授痈疽灵方治乳痈发背，诸般疮毒灵
前言总论第一章 炮制的起源和发展第二章 炮制的意义和目的第三章 炮制的作用一、炮制对药物性味功能的影响二、炮制对药物成分的影响三、加热和用水四、常用辅料五、炮制的工具第四章 炮制过程中的注意事项第五章
太医局诸科程文格
六因条辨卷上春温辩论春温条辨三十条论伤暑中暑中热辨误伤暑条辨二十六条中暑条辨十一条中热条辨八条六因条辨卷中伏暑辨论伏暑条辨二十八条秋燥辨论秋燥条辨十一条冬温温毒条论冬温条辨十条温毒条辨四条六因条辨卷下