神农尝百草论亢则害承乃制论四气所伤论张仲景伤寒立法考伤寒温病热病说伤寒三阴病或寒或热辨阳虚阴盛阳盛阴虚论伤寒三百九十七法辨伤寒四逆厥辨呕吐干呕哕咳逆辨中风辨中暑中热辨积热沉寒论泻南方补北方论五郁论二阳
卷首集例先天图说天地人物气候相应说天地人物气候相应图释方历代医学姓氏三代以前，圣君贤相，创为医药，以济死生者也。秦汉以后，有通经博史，修身慎行，闻人巨儒，兼通乎医。医极其明者也。以医为业，世代相承者也
难经经释
少林寺秘传十二时辰十二穴道二十四方
序卷一风温温疫卷二暑温伏暑温毒湿温冬温卷三中风少阳螈肝风肝厥胁痛肝痈癫狂虚劳吐血便血肿胀单腹胀滞下（俗名痢疾，又曰积。红色属热，属血，白色属寒、属气。）积聚淋浊泄泻卷四痘症噎呕吐反胃哕失音水气寒湿痹风
卷一中风总括中风死候类中风总括伤风总括痉病总括痉病死证破伤风痹病总括周痹痹病生死证痹入脏腑证痿病总括痿痹辨似痿病治法香港脚总括香港脚死证卷二内伤总括内伤外感辨似虚劳总括虚劳死证虚劳治法痨瘵总括痨瘵治法
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
自序卷之一痈疽之源（一）痈疽之别（二）脉法（三）分经络（四）善恶（五）虚实（六）内消（七）内托（八）灸（九）针烙（十）砭镰（十一）敷贴(十二）淋洗（十三）将护（十四）禁忌（十五）肿疡(十六)发表辛凉解
自叙阳湖张琦序丹徒赵克宣序丹徒赵克宜序长沙徐树铭序湘潭欧阳兆熊序长沙黄济序完颜崇实序吴郡顾复初序江夏彭崧毓序吴县曹元恒序卷一·天人解阴阳变化五行生克脏腑生成气血原本精神化生形体结聚五官开窍五气分主五味
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石